Provoz destilační kolony vyžaduje zvládnutí materiálové bilance, par-kapaliny a tepelné bilance.
Materiálová bilance se týká zásady, že množství materiálu vstupujícího do kolony za jednotku času by se mělo rovnat součtu množství materiálu opouštějícího kolonu. Materiálová bilance odráží výrobní kapacitu kolony a je primárně regulována rychlostí posuvu a rychlostí horního a spodního vypouštění. Během provozu se změny materiálové bilance specificky odrážejí na hladině kapaliny na dně kolony. Když se provoz kolony odchyluje od celkové materiálové bilance, může se to projevit ve změnách tlakového rozdílu kolony. Pokud například více materiálu vstupuje, než vystupuje, tlakový rozdíl kolony se zvýší.
U pevné destilační kolony by měl být tlakový rozdíl kolony v určitém rozmezí. Pokud je tlakový rozdíl příliš velký, rychlost stoupající páry v koloně je příliš vysoká, což má za následek silné strhávání mlhy a dokonce zaplavení, což narušuje normální provoz. Pokud je tlakový rozdíl příliš malý, rychlost stoupající páry v koloně je příliš nízká, což snižuje účinek přenosu hmoty plynu-kapaliny na patra a dokonce způsobuje netěsnosti, což výrazně snižuje účinnost patra. Špatná kontrola materiálové bilance může vést k chaotickému provozu celé kolony; zvládnutí materiálové bilance je zásadním aspektem provozu kolony. Pokud dojde k narušení normální materiálové bilance, ovlivní to další dvě bilance: bilance plynu-kapaliny nedosáhne očekávaného efektu a tepelná bilance bude rovněž narušena a je třeba ji znovu upravit.
